Micro Manual de Utilização do Cluster

MICRO MANUAL DE USO DO SGE Ultima atualizaccao: 26/08/2009 Por: Renderson Loriato.

Antes de usar este manual recomenda-se, fortemente, que o usuário leia o "N1_Grid_Engine_6_Users_Guide", disponível em /gridware/sge/N1_Grid_Engine_6_Users_Guide.pdf de enterprise (enterprise).

Uso do SGE para Executar um Único Job

Um script demonstrando como usar o SGE para disparar um único job está disponível em:

/gridware/sge/um_job.sh

Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar um job.

Uso do SGE para Executar um Único Job em Várias Máquinas Simultaneamente

Um script demonstrando como usar o SGE para disparar múltiplos jobs simultaneamente (jobs independentes com entradas diferentes, por exemplo) está disponível em:

/gridware/sge/multiplos_jobs.sh

Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar múltiplos jobs.

Uso do SGE para Executar Jobs em Paralelo

Para execução de Jobs em Paralelo podemos utilizar 4 regras de alocação disponiveis:

Integer
Pe_Slots
Fill_Up
Round_Robin

Integer

A regra permite alocar exatamente um numero definido de slots. Para o cluster Enterprise 2 (com 2 cores) apenas foi configurada com o valor 1 ou seja, isso permitirá que um job seja executado em apenas um core, para utilização dos dois cores podemos fazer uso de outra regra. Na Enterprise 3 (com 4 cores) os valores definidos foram de 1 a 3.

Um script demonstrando como usar o SGE para disparar jobs mpi com essa regra está disponível em:

/gridware/sge/mpi_job_int.sh

Para utilização na Enterprise 3 (Quad-Core) os scripts de demonstração assumem valores de 1 a 3 entao:

/gridware/sge/mpi_job_int1.sh
/gridware/sge/mpi_job_int2.sh
/gridware/sge/mpi_job_int3.sh

Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar seus jobs.

Pe_Slots

A regra permite alocar vários slots em apenas um host. Todos os processos serão alocados em um mesmo host, mesmo que o número de cores não seja igual ao número de processos.

Um script demonstrando como usar o SGE para disparar jobs mpi com essa regra está disponível em:

/gridware/sge/mpi_job_peslots.sh

Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar seus jobs.

Fill_Up

A regra permite que o primeiro job seja escalonado para o 1o core disponível de uma máquina qualquer; o 2o para o 2o core disponível desta máquina; o 3o para um outro core desta máquina (no caso de máquinas quad-core - Enterprise 3) ou um outro core de uma outra máquina (no caso de máquinas dual-core - Enterprise 2).

Um script demonstrando como usar o SGE para disparar jobs mpi com essa regra está disponível em:

/gridware/sge/mpi_job_fillup.sh

Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar seus jobs.

Round_Robin

Nessa regra o primeiro job é escalonado para 1 core de 1 máquina qualquer, o segundo para um core de uma outra máquina, e assim sucessivamente.

Um script demonstrando como usar o SGE para disparar jobs mpi com essa regra está disponível em:

/gridware/sge/mpi_job.sh

Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar seus jobs.

Outros Exemplos de Uso do SGE

Existem outros exemplos de SGE em: /gridware/sge/examples

Comandos

O Sun Grid Engine (SGE) possui comandos para enviar e remover processos, monitorar e controlar filas. A seguir os exemplos:

• qacct: Extrair informações dos logs do cluster.
• qalter: Modificar atributos de um processo já enviado, porém, ainda não executado.
• qconf: Providencia uma interface gráfica da configuração das filas.
• qdel: Remove jobs.
• qhold: Faz com que os jobs em execução, voltem para a fila de espera.
• qhost: Mostra informações sobre os hosts de execução.
• qlogin: Inicializa uma sessão similar ao telnet.
• qmake: Funciona como o tradicional make, porém, tem a habilidade de distribuir independentes partes pelo cluster.
• qmod: Permite ao dono suspender ou habilitar a fila.
• qmon: Abre uma interface gráfica para monitorar o cluster.
• qresub: Cria novos jobs copiados de outros que estejam na área de espera ou execução.
• qrls: Reenvia jobs, que foram bloqueados pelo qhold, da área de espera para área de execução.
• qrsh: Pode ser usado para vários propósitos, como providenciar uma execução remota de uma aplicação.
• qselect: Aplicar ações em uma fila selecionada.
• qsh: Abre um shell no xterm.
• qstat: Mostra uma lista de todos os jobs e filas associadas ao cluster.
• qsub: Interface para enviar um job ao cluster.
• qtcsh: Shell compatível ao shell csh do Unix.

Problemas de Concorrência

A realização de experimentos nos Cluters Enterprise2 e Enterprise3, compostos por arquiteturas dual-core e quad-core, respectivamente, requer uma atenção especial.

Considere, por exemplo, que um usuário deseja efetuar experimentos no Enterprise2 (ou no Enterprise3) a partir da submissão de vários jobs simultâneos e independentes (por exemplo, com entradas, configurações e saídas diferentes).

Nestas condições, suponha que cada job, quando começar a ser executado em uma dada máquina, efetue os seguintes comandos (na ordem apresentada):

• teste para checar se um diretório específico, de nome constante, existe. Por exemplo, este teste verifica se o diretório DIR encontra-se em locais default (por exemplo, /tmp, /dados).
• caso o teste anterior seja afimativo, o diretório DIR é removido (comando rmdir), caso contrário, ele é criado (comando mkdir).

Suponha, ainda, que dois jobs distintos (referenciados de agora em diante, como X e Y) sejam direcionados, pelo SGE, para uma mesma máquina (lembre-se que o SGE enxerga cores de processamento e não processadores). Nesta situação, caso a ordem de execução abaixo ocorra, teremos um problema de concorrência:

• job X testa a existência do diretório X. O retorno do teste é falso.
• job Y testa a existência do diretório Y. O retorno do teste é falso.
• job Y cria o diretório DIR.
• job X cria o diretório DIR. Aqui, obtem-se o erro: "mkdir: não é possível criar o diretório `DIR': Arquivo existe"