Mudanças entre as edições de "Micro Manual de Utilização do Cluster"
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Edição das 14h26min de 24 de agosto de 2009
Índice
MICRO MANUAL DE USO DO SGE Ultima atualizaccao: 18/02/2009 Por: Felipe Thomaz Pedroni.
Antes de usar este manual recomenda-se, fortemente, que o usuário leia o "N1_Grid_Engine_6_Users_Guide", disponível em /gridware/sge/N1_Grid_Engine_6_Users_Guide.pdf de enterprise (enterprise).
Uso do SGE para Executar um Único Job
Um script demonstrando como usar o SGE para disparar um único job está disponível em:
/gridware/sge/um_job.sh
Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar um job.
Uso do SGE para Executar um Único Job em Várias Máquinas Simultaneamente
Um script demonstrando como usar o SGE para disparar múltiplos jobs simultaneamente (jobs independentes com entradas diferentes, por exemplo) está disponível em:
/gridware/sge/multiplos_jobs.sh
Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar múltiplos jobs.
Uso do SGE para Executar Jobs em Paralelo (LAM-MPI)
Para execução de Jobs em Paralelo podemos utilizar 4 regras de alocação disponiveis:
Integer Pe_Slots Fill_Up Round_Robin
Integer
A regra permite alocar exatamente um numero definido de slots. Para o cluster Enterprise 2 (com 2 cores) apenas foi configurada com o valor 1 ou seja, isso permitirá que um job seja executado em apenas um core, para utilização dos dois cores podemos fazer uso de outra regra. Na Enterprise 3 (com 4 cores) os valores definidos foram de 1 a 3.
Um script demonstrando como usar o SGE para disparar jobs mpi com essa regra está disponível em:
/gridware/sge/mpi_job_int.sh
Examine o arquivo. Ele contém tudo que é necessário para disparar seus jobs.
Outros Exemplos de Uso do SGE
Existem outros exemplos de SGE em: /gridware/sge/examples
Comandos
O Sun Grid Engine (SGE) possui comandos para enviar e remover processos, monitorar e controlar filas. A seguir os exemplos:
- qacct: Extrair informações dos logs do cluster.
- qalter: Modificar atributos de um processo já enviado, porém, ainda não executado.
- qconf: Providencia uma interface gráfica da configuração das filas.
- qdel: Remove jobs.
- qhold: Faz com que os jobs em execução, voltem para a fila de espera.
- qhost: Mostra informações sobre os hosts de execução.
- qlogin: Inicializa uma sessão similar ao telnet.
- qmake: Funciona como o tradicional make, porém, tem a habilidade de distribuir independentes partes pelo cluster.
- qmod: Permite ao dono suspender ou habilitar a fila.
- qmon: Abre uma interface gráfica para monitorar o cluster.
- qresub: Cria novos jobs copiados de outros que estejam na área de espera ou execução.
- qrls: Reenvia jobs, que foram bloqueados pelo qhold, da área de espera para área de execução.
- qrsh: Pode ser usado para vários propósitos, como providenciar uma execução remota de uma aplicação.
- qselect: Aplicar ações em uma fila selecionada.
- qsh: Abre um shell no xterm.
- qstat: Mostra uma lista de todos os jobs e filas associadas ao cluster.
- qsub: Interface para enviar um job ao cluster.
- qtcsh: Shell compatível ao shell csh do Unix.
Problemas de Concorrência
A realização de experimentos nos Cluters Enterprise2 e Enterprise3, compostos por arquiteturas dual-core e quad-core, respectivamente, requer uma atenção especial.
Considere, por exemplo, que um usuário deseja efetuar experimentos no Enterprise2 (ou no Enterprise3) a partir da submissão de vários jobs simultâneos e independentes (por exemplo, com entradas, configurações e saídas diferentes).
Nestas condições, suponha que cada job, quando começar a ser executado em uma dada máquina, efetue os seguintes comandos (na ordem apresentada):
- teste para checar se um diretório específico, de nome constante, existe. Por exemplo, este teste verifica se o diretório DIR encontra-se em locais default (por exemplo, /tmp, /dados).
- caso o teste anterior seja afimativo, o diretório DIR é removido (comando rmdir), caso contrário, ele é criado (comando mkdir).
Suponha, ainda, que dois jobs distintos (refereincados de agora em diante, como X e Y) sejam direcionados, pelo SGE, para uma mesma máquina (lembre-se que o SGE enxerga cores de processamento e não processadores). Nesta situação, caso a ordem de execução abaixo ocorra, teremos um problema de concorrência:
- job X testa a existência do diretório X. O retorno do teste é falso.
- job Y testa a existência do diretório Y. O retorno do teste é falso.
- job Y cria o diretório DIR.
- job X cria o diretório DIR. Aqui, obtem-se o erro: "mkdir: não é possível criar o diretório `DIR': Arquivo existe"